تخضع التنظيمات على المستوى المحلي والوطني من أجل اختيار المشاركين في الأولمبياد GMO لرؤية كل دولة من الدول الأعضاء بالمكتب.

التنظيمات على المستوى الإقليمي وتكون على النحو الآتي:

اللجنة العليا( برئاسة مكتب التربية العربي لدول الخليج، وعضوية مندوبي وزارة التربية والتعليم، ورؤساء اللجان العاملة على المستوى الإقليمي )، ومن المهام الرئيسة لها اعتماد الخطط الإستراتيجية والخطط التشغيلية للأولمبياد.

اللجنة العلمية تتشكل من رؤساء الوفود المشاركة ورئيس اللجنة التحضيرية من الدولة المضيفة وممثلي مكتب التربية العربي لدول الخليج إضافة إلى واضعي الأسئلة وتتلخص مهام اللجنة العلمية فيما يلي :

- مراجعة ترجمة أسئلة الاختبار ومواءمتها في نفس يوم الاختبار قبل عقده بساعتين على الأكثر مع بقاء اللجنة في موقعها حتى الإنتهاء من الرد على أسئلة الطلبة المكتوبة.

- البت في حال وجود أي خلاف ينشأ من رئيس وفد أي دولة من الدول الأعضاء، مع لجنة واضعي الاختبار وتصحيحه، حول تصحيح أي سؤال، ويعتبر قرارها نهائياً.

- الاطلاع على نتيجة المسابقة واعتمادها.

- الإشراف على أعمال النظام والمراقبة.